新修版《天龙八部》中，段誉没有将三大神功传给自己的儿子段正兴，可能是因为段誉经历了一系列的情感纠葛，最终选择出家为僧。而这背后可能隐藏着一段关于段誉、王语嫣和慕容复三人之间的复杂故事。

在故事中，段誉对王语嫣一往情深，但王语嫣心中一直钟情于表哥慕容复。尽管后来王语嫣在西夏驸马大选时被慕容复所伤，转投段誉怀抱，但她对慕容复的感情并未完全消退。新修版的结局中，王语嫣因为没有在不老长春谷中寻得“不老长春之方”而负气出走，再次与慕容复走到了一起。

然而，慕容复后来疯了，王语嫣却不离不弃，并且与他有了孩子。段誉得知真相后备受打击，选择出家。为了让角色与历史原型相符，金庸安排王语嫣最终回到段誉身边，他们的儿子段正兴即位后，还追封母后为太上皇后。

因此，段誉没有将三大神功传给儿子段正兴，可能是因为他发现王语嫣和慕容复的孩子并非自己亲生，心灰意冷之下出家为僧，也没有心思再传承武功。这一情节的安排也体现了金庸作品中常见的“因果循环”主题。